L'histoire commence dans le village caché de Konoha autour d'un enfant orphelin Apelés Naruto Uzumaki.
Trop écarte des autres enfants durant toute son enfance, il essaie en vain de se faire remarquer en faisant le pitre, des bêtises, …. Il répète constamment : " je serais le plus puissant de tous les Hokage "

Tout ceci s'explique un peu si on remonte 12 ans en arrière à la naissance de Naruto. A cette époque, un démon renard à 9 queues, Kyubi voulait détruire le village caché de Konoha. Les grands Hokagés de Konoha (les ninjas puissants) prirent la défense du village pour tenter de le sauver. Un Hokagé scella le démon renard à neuf queues dans le corps de Naruto avant de mourir.
Naruto grandit sans savoir que le Kyubi est en lui.
Durant son enfance, et dans les premiers épisodes, il coûtoi 2 autres enfants qui seront également les personnages clefs de la série.
Sakura Horuna et Sasuke Uchiwa, qui souhaite tous deux devenir grand ninja et passer l'examen pour devenir Guenin, une étape importante pour devenir un Hokage. Sasuke et Naruto seront en constante rivalté

Leur maître est Kakashi Hatake, un mystérieux Jonin (maître ninja) les accompagnera dans le début de leur apprentissage pour être chunin.
Naruto, Sakura, et Sasuke partent pour passer l'examen pour devenir Genin.
Un enfant du village de Orochimoru possédant également un démon en lui aura pour mission d'aller détruire le village caché de Konoha.